南瑤宮香火的發源地笨港天后宮的所在地為「笨港」，乾隆52年（1787）左右，對笨港的敘述為：「查笨港地方分南北二港，離諸羅二十餘里，離鹽水港三十里，離海口三十里。自五月失陷後，北港竟成片土，南港一帶搭蓋草寮，約計二百餘間，悉係賊巢，……。」[1]可知在乾隆時，笨港就分成北港和南港。後來北港的發展程度大於南港，北港完全接收了「笨港」這個名稱，光緒20年（1894）的《雲林縣采訪冊》即說：「北港街即笨港，因在港之北，故名北港。」[2]在乾隆至光緒年間，文獻上常有「笨港」和「北港」混稱的情形，例如：蔡相煇在〈南瑤宮笨港進香考釋〉中提到：
林文明案，林母在控狀中仍稱進香為笨港進香，而較精確的官文書：台灣道、府、縣三級衙門文件則稱「北港進香」，信徒香旗上也書「北港進香」，可以看出南瑤宮進香目的地笨港的精確位置即北港，笨港則為民間對北港的通俗稱呼。[3]
因為在清代，民間和官方對笨港天后宮的所在地，有「笨港」和「北港」混稱的情形，所以「笨港進香」也被稱為「北港進香」。
到了日治時期，台灣各地的地名也有不少的更動，北港被稱為「笨港」的情形就很少出現了。日治時期的〈臺灣日日新報〉和〈漢文臺灣日日新報〉對當時台灣最大的進香活動「南瑤宮北港進香」有不少的報導，報導中有提到南瑤宮進香名稱的部分，筆者將其整理成表3-1：
由上表可知，日治時期的新聞報導對南瑤宮進香團的稱呼寫為「南北港進香」的次數最多，有12次；「南北港謁祖」和「南北港謁祖進香」各1次；「北港進香」有5次；「北港朝天宮進香」有2次；「北港謁祖進香」有1次；「北港媽祖廟に進香」有1次。照以上的統計來看，可以確定南瑤宮進香名稱是「北港進香」的共有9次，名稱中有「南北港」的有14次之多。日治時期的「南北港」是指何地？留待本章第二節 南瑤宮笨港進香的目的地來進行探討。
在明治45年（1912）〈員林廣寧宮大媽接香換傘協議書〉，對進香活動的名稱寫的是「笨港進香」：
茲因歷年南瑤宮天上聖母往笨港進香回鑾經至東螺東堡粵人溪底之際，員林街廣寧宮大媽接香換傘之時，眾爐下屢起爭端。適於明治四十五年舊歷二月十五日各爐代表者齊集南瑤宮共議換傘，決定于左：
一、大媽四媽進香年，員林街大媽應接聖四媽聖駕換傘是也。
二、二媽五媽進香年，員林街大媽應接興二媽聖駕換傘是也。
三、三媽六媽進香年，員林街大媽應接新三媽聖駕換傘是也。
明治四十五年舊曆貳月拾伍日
南瑤宮 立
日治時期的新聞報導對南瑤宮進香團的稱呼是以其進香的目的地來命名，以「南北港進香」和「北港進香」這兩個名稱為主，而南瑤宮廟裡在此時所立的合約還是沿用清代時的稱呼，為「笨港進香」。
二戰終戰後，在民國45年（1956）5月1日的《中國時報》有一則報導記載了「南瑤宮笨港進香團」的定名經過：
該進香團由彰化縣農會理事長賴樹旺與三、六媽轎班會林阿火等發起，經二個月餘之籌備，始於昨日成行，達到了進香之願望，該團經媽祖神杯允准定名為南瑤宮笨港進香團，並由賴樹旺任大總理之職，林阿火為副大總理，… [4]
根據這個報導，南瑤宮進香團的更名是在媽祖面前擲筊，經神杯（聖杯）而定名為「南瑤宮笨港進香團」，這算是南瑤宮媽祖進香活動在二戰終戰後所使用的正式名稱，這個名稱取代了以往「北港進香」的說法，一直沿用至今。
[1] 乾隆敕纂，〈卷四十，乾隆五十二年十月初八至二十三日〉，《欽定平定臺灣紀略》（臺灣文獻叢刊第102種，台北：臺灣銀行經濟研究室印行，1960），頁643。
[2] 倪贊元，〈大槺榔東堡．街市〉《雲林縣采訪冊》（台灣文獻叢刊第37種，台北：臺灣銀行經濟研究室，1959），頁47。
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